清华科技园孵化器有限公司是清华科技园下属的孵化器专业管理公司，是清华科技园内孵化器集群和专业技术平台的管理经营者，成立于2001年3月15日。目前公司负责清华创业园、清华留学人员创业园、清华创业园生物孵化器、清华科技园公共测试平台的日常运营管理。公司秉承清华大学“厚德载物、自强不息”的校训，坚持“以人为本”的方针，遵从“搭建创新与创业的舞台、铺设机遇与成功的道路，架筑科技与经济的桥梁”的使命。依靠国家有关政策，凭借清华大学智力密集和科技资源丰富的优势，组合各类资源，营造科技成果转化、技术创新和企业孵化成长的良好环境，竭力为入园企业发展提供服务，造以企业群体为基础的新的经济增长点，孵化有自主知识产权产品的企业，培育懂经营、善管理的企业家。