根据国务院《基金会管理办法》《基金会章程》《中国教师发展基金会专项基金管理办法》等有关法律法规,基金会与中教创新研究院共同设立了国家教师科研专项基金，旨在针对教育科研领域作出突出贡献或取得成果的教学单位和教师进行表彰奖励，对基层教师教育科研课题的立项、评审、指导、结题、鉴定、整合团队优势，创设“草根科研”理念，进行有效、有针对性的帮助支持和管理。
科研专项基金设立以来，全国已有2300多教学机构申报、立项了课题，有85%的学校已取得圆满的成果并顺利结题。几年以来，受到本专项基金表彰奖励的“全国科研教师”、“全国科研杰出校长”共有2000多人次。在全国具有很大影响。
“草根科研”是针对一线教师、青年教师的科研。从立项到结题鉴定由始终全程管理，“十一五”结题率92%，在全国处于地位。
中教创新研究院做为教育部中国教师发展基金会国家教师科研基金办公室的科研管理和执行机构，开展相关工作。