晨光植物蛋白分公司是晨光生物科技集团股份有限公司投资兴建的直属分公司，占地300亩，条生产线于2010年建成投产，日处理棉籽350吨，2011年又建成一条日处理棉籽500吨的生产线。目前植物蛋白分公司日加工能力达850吨，年加工棉籽20万吨以上，年生产50％脱酚棉蛋白7万吨以上，棉籽油近2万吨，棉短绒2.2万吨左右，棉壳7万吨以上。另外，2011年晨光生物集团在新疆喀什又建成一条日处理棉籽400吨的生产线，已经投产。
　　进入棉籽加工行业，晨光植物蛋白分公司立志整合产业资源，做产业龙头。晨光植物蛋白分公司将依靠雄厚的集团实力、的技术优势、高层次人才优势和全过程的检测优势力争在3—5年内把棉籽加工业做到国内地位，促进我国棉籽加工产业的进步。
　　技术优势：公司利用自己的植物萃取技术，自行设计工艺流程，并由自己设备子公司——营口晨光制造的预处理、浸出设备，生产上拥有设计的连续提取设备和全自动化油脂浸出生产线，拥有4条中试生产线。强大的技术优势将支持公司产品的优质化。
　　人才优势：现在公司拥有博士生2名，硕士研究生49名。其中在棉籽蛋白项目拥有研究生15人，工程师9人，员工80％以上为本专科院校毕业生，同时公司与中国农大、河南工业大学等行业知名大学建立长期人才培养和技术合作关系。农产品加工业的高层次人才聚集区，将聚力打造科技型企业。
　　检测优势：公司重视产品质量，建有国家认可的国家实验室，配有国内的气相色谱仪、液相色谱仪、近红外光谱分析仪、核磁共振分析仪、液质连用仪等检测仪器。从原料采购到生产加工产品销售，进行全过程质量检测控制，能有效保证产品的质量。品质出色自然是晨光人坚信的理念。