复旦二附中坐落于复旦大学邯郸路校区，与复旦附中比邻而居。复旦二附中的前身为复旦子弟学校中学部，1978年成立，1985年改为现名，但作为子弟学校的性质仍不变：仍接受复旦大学与杨浦区教育局双重领导，学生仍以复旦子弟为主体。