福建省计量院为具有法人的正处级事业单位。内设机构几经调整，目前设有长度室、热工室、力学室、测力室、流量室、电学室、化学室、医学室共八个实验室和党政办公室、人力资源部(监察室)、财务管理部、业务管理部、技术管理部、科研、后勤保障部等七个职能管理部门，以及经省技术监督局批准并认证的福建省眼镜验光准确度公正计量行、福建省土地房产面积公正计量行、福建省眼镜质量监督检验站等。下属还有省计量实验工厂、省信息推广站和省闽量技术开发三个经济实体。