古沟民族中学是潘集区建校早的学校，始建于1956年，原属凤台县辖区，故名凤台县第三中学，1959年改名为凤台县古沟中学。1972年被划归淮南市管辖，更名为淮南市古沟中学。1995年，古沟乡更名为古沟回族乡，而古沟中学地处古沟回族乡，校内回民子女较多，于2002年7月经上级有关部门审核批准——淮南市古沟中学更名为淮南市古沟民族中学。