海口市交通运输和港航管理局为主管全市交通、港口和农村公路的市政府工作部门。海口市交通战备办公室是海口市国防动员委员会的办事机构，在市交通运输局挂牌。内设9个正科级职能机构：办公室、组织人事处（机关党委办公室、纪检监察处）、计划财务处、政策法规处、规划建设处、运输管理处、公交客运管理处、港航管理处、安全监督处（交通战备处）。6个局直属事业单位：市道路运输管理处、市交通港航综合执法支队、市港航管理处、市地方公路管理站、市第二地方公路管理站、市交通港航信息。4家企业：市运输公司、市第二运输公司、市第二客运公司、市航运公司。 中共海口市交通运输和港航管理局直属机关委员会管辖11个机关党委、党支部、支部，分别是：市道路运输管理处党总支、局机关党支部、局机关离退休党支部、局机关琼山离退休党支部、市港航管理处党支部、市公路站党支部、市第二公里站党支部、市运输公司党支部、市第二运输公司党支部、市第二客运公司党支部、市航运公司党支部。