“一体两翼多种体制”的新型组织结构是其特色。杭州二中教育集团由以杭州二中——公办寄宿制一级中学为龙头学校，国有民办省二级中学——杭州二中分校、纯民办的完全中学——余杭杭州二中树兰实验学校、国有民办九年一贯制的江南实验学校和中外合作的二中国际部组成。
学校抓好“三个创新”——办学体制创新，管理模式创新，教育教学模式创新；实施“四项工程”——全力推进教育信息化工程，积极实施教育国际化工程，努力推进学校办学体制“综合化”工程，大力推进素质教育改革“全面深化”工程。
目前学校正以名品化、现代化和国际化为目标，努力把学校建设成为浙江省先导型的现代化学校，全国的实验性学校，有一定国际影响的开放性学校。
