2013年末全市高等院校在校生33409人；中等职业学校48所,在校生75477人；普通中学41所,在校生15.59万人；普通初级中学313所,在校生34.14万人；小学共1563所,在校生81.09万人。初中毕业升学率72.64%，小学毕业升学率95.63%,学龄儿童入学率99.99%。
高校：菏泽学院、菏泽医学高等专科学校、菏泽职业技术学院、菏泽家政职业学院、 齐鲁工业大学菏泽校区
技校：菏泽卫生学校、菏泽卫生预备役学校、菏泽音乐学院、菏泽市技术学院、菏泽市交通技工学校、巨野武术学校、巨野县职业中等专业学校、郓城宋江武术学校、东明东方武术学校、曹州武术学校、中原艺校、菏泽新闻学院