我局前身为“长江口航道建设有限公司”，由交通部、上海市和江苏省为国家工程长江口深水航道治理工程建设于1998年1月而组建。为了更好地进行长江口航道建设和管理，根据交通部、上海市和江苏省的意见并经中编办批准，2005年7月单位转制为“交通部长江口航道管理局”，现改名为“交通运输部长江口航道管理局”。主要负责长江干线浏河口长江入海口长约122公里的航道规划、管理、建设、维护和科研工作。为交通运输部所属的长江口航道管理主管部门。
局为正局级事业单位，地处上海市威海路黄陂路，人民广场旁。