南京市东水关小学创建于1957年9月，原南京市东关头小学，2001年和白鹭洲、钞库街小学三校合并，2005年10月易名为东水关小学。地处美丽的秦淮河畔、繁华的夫子庙商闹市区、古老的明城墙脚下，集六朝古都灵气，聚悠悠秦淮古韵，积淀下深深底蕴，民族特色和时代气息交融一体。

迈入二十一世纪，东小人面对世界和未来，面向现代化的进程，立足秦淮和东水关这方热土，着眼于学生整体素质的提高，着眼于为孩子的未来发展打好基础，形成了“厚德、尚学、健身”的良好校风，“勤学、创新、进取”的教风，以“责任”为校训。在上级政府及领导的关怀下，全体教职员工团结一心、艰苦奋斗，以科学发展观指导思想，脚踏实地抓管理、凝神聚力促质量，一步一个脚印，努力提高学校良好形象。写在墙上的那句“勤奋学习、快乐生活、全面发展”更是深入每个人的心田。

在教育局直接领导下、在全体教师的共同努力下，用真挚的爱耕耘一方热土，创造了令人瞩目的业绩,2007年成功创建南京市实验小学，2008年又被南京市教育局命名为科技特色学校。