随着我国国民经济持续快速发展和城市化进程的明显加快，轨道交通产业迎来了新的加速发展时期。为构筑南京市产业新基础，建成长三角制造业，南京市提出了打造轨道交通产业链，构筑产业发展和产业竞争新优势的战略部署，引导和推动南京轨道交通产业更好更快的发展。
轨道交通包括地铁、轻轨、磁悬浮等多种样式，从项目的设计、施工到终的运营，南京轨道交通企业基本覆盖了各个环节。南京地下铁道有限责任公司在工程建设管理、运营、咨询方面具备的管理理念和成功的经验。中国电子科技集团公司第十四研究所是国家发改委定点的信号系统国产化总成单位，在CBTC等体制的列车控制系统方面获得了突破，为南京、上海等城市提供了信号系统，同时，基于列车行车调度系统（ATS）统一平台完成了轨道交通综合自动化系统的研发，并成功向轨道交通总承包方面拓展，先后承接了巴基斯坦卡拉奇轨道交通1号线EPC总承包项目及约旦轻轨EPC总承包项目。车辆制造方面，浦镇车辆厂的设计和制造能力吸收了国际大公司的技术，已经制造出国际的车辆产品提供给上海、南京等城市，并进入海外市场；南京康尼是列车门系统的国产化先锋和主要供应商；南京华士是车载电气设备重要集成和生产厂商，他们都已成为列车车辆系统产业链配套供应商。熊猫电子集团有限公司引进、消化、吸收国外的自动售检（AFC）系统技术，自主开发了务清算管理（ACC）系统及AFC专用配套设备，产品销往南京、北京等城市，并出口海外，成为国内AFC、ACC系统及配套设备的主要供应商之一。国电南瑞、国电南自是我国电力保护与控制系统方面的，在广州、北京、德黑兰等地铁的建设中积累了丰富的SCADA系统经验，同时正在向轨道交通交通综合监控系统方面拓展。南京消防股份和南京消防集团则是消防技术、产品和市场份额国内的消防系统设备供应商。此外，南京还有南京普天通信的通信系统和设备，南京曼奈克斯的检修电源箱设备，天加空调、五洲制冷的空调系统，蓝深制泵的给排水系统，菲尼克斯的电接口器材等。在土建工程建设方面，南京嘉盛集团、玛莎建材、华夏天成、中国水泥厂、南钢等原材料供应商在相关领域竞争力。江苏联宏公司为南京地铁建设了全国能源管理系统。南京地铁在运营与资源开发方面围绕运营服务拓展了多个经营领域，多元化发展优势突出。目前南京轨道交通产业已经形成较为完整的轨道交通产业链。
2006年7月，南京市轨道交通行业的33家企业共同的家园—南京轨道交通产业协会在南京市经济委员会的直接倡导和组织下成立了。这是一个沟通的平台、合作的平台、共谋发展的平台。南京轨道交通协会的成立，标志着南京的产业结构调整迈出了重要的一步，装备制造业在轨道交通领域有了长足的发展，也是南京打造长三角制造业的实质性进展。协会将在打造市场信息平台、技术合作平台、产品协作平台，统一协调对外形象、联合投标、联合承接工程等诸方面继续努力，实现南京轨道交通行业的大联合。协会发展的形式将是具有更强市场竞争力的产业联盟或股份有限公司，以EPC、BT、BOT、PPP等国际通行的承包模式承接更多国内外轨道交通项目。
在南京市政府的大力支持下，十四所正在积极筹备牵头成立从事轨道交通总承包项目业务的公司—南京轨道交通系统工程公司。总承包公司将以南京市确立的轨道交通国产化示范工程为契机，结合十四所承接的海外总承包项目，不断发展状大，为全面、深入打造南京轨道交通产业链作出应有的贡献。