南京理工大学常熟研究院、南京理工大学研究生院常熟分院坐落在常熟经济技术开发区，是南京理工大学与常熟经济技术开发区合作共建的法人单位，主要从事科技研发、科技成果转化与高层次人才培养工作。
南京理工大学无锡研究院坐落在江苏省锡山经济开发区科技创业园，是南京理工大学与锡山经济开发区合作共建的法人单位，主要从事科技研发、科技成果转化工作。
南京理工大学常熟研究院和无锡研究院以南京理工大学科研力量与高层次人才为依托，围绕常熟市和无锡市新兴产业和特色现状和发展趋势，以科技项目为基础，按照“政府支持、产学研结合、市场化运营”的原则开展科技研发和科技成果转化以及产业化工作。南京理工大学研究生院常熟分院主要为地方培养高层次人才，目前正进行中德联合培养的全日制研究生和在职人员学历教育。