上海教育超市成立于1999年7月29日，系根据上海市委市府及市教委关于推进高校后勤社会化改革的指示精神，由上海高校后勤服务股份有限公司出资控股，复旦、交大、同济、财大等高校后勤实体参股共同出资组建。上海教育超市是全国家立足教育市场、面向医疗机构、机关团体等企事业单位的商业连锁企业，始终以办出规模、办出特色、办出效益为目标，以低成本运作为经营指导思想，是上海高校后勤社会化改革的一项标志性工程。2006年9月上海教育超市有限公司正式更名为“上海教育超市连锁有限公司”。
十余年来，教育超市始终秉持服务师生、服务校园、服务教育的宗旨，不断扩大规模，强化管理，优化服务，目前，拥有门店150余家，全面覆盖上海各大、中院校，经营的商品品种达 8000 余种，年营业额超过2亿元，累计上交利3500多万元，是上海市会计信用A类企业。
随着国民经济和社会发展第十一个五年规划的全面启动和科教兴国战略的不断深入，上海教育超市步入了更为广阔的发展空间。2005年 11 月 21 日，上海教育超市宝山基地正式动工，并于2007年 2 月16日正式启用。教育超市宝山基地建筑面积一万一千多平方米，是集办公、商品和设备的陈列展示、物流、加工厂房于一体的综合性物流配送基地，成为上海高校后勤保障实体中的重要一员。
2005年8月，当选为中国高教学会后勤管理分会商贸管理专业部主任和秘书长单位。2011年被评为全国高校后勤服务企业。