上海市萌芽实验中学是上海市教委和浦东新区社会发展局审核批准，由《萌芽》杂志社在上海浦东新区承办的一所实验性完全中学（公立转制）。在浦东新区社会发展局的大力支持和关心下，于2002年5月正式成立，2002年9月1日开学。建校以来，学校始终把教学工作放在首位，加强教学管理，积极进行教学改革，努力为学生营造良好的成长环境。