学校坚持全面贯彻党的教育方针，以德育为核心，以培养学生的创新精神实践能力为，使学生在德智体美几方面都得到发展，树立了“构建研究型学校、选研究型教师、培养研究型学生”的办学理念。在学校管理中，坚持“视高质量为生命、置严管理为始终”的原则，使学校的教育教学工作不断取得新的成绩。几年来，在市、区政府及各级教育局的领导和帮助下，苏州市第三十九中学荣获了一系列的荣誉。