为深圳市交委下属派出机构，承担市交通运输委港航和货运管理职责。具体包括全市道路危险货物运输和港口危险货物作业监管业务、有关货运交通运输行政许可、非行政许可、一般服务事项和行政收费等工作、汽车维修、港航、维修、驾培等行业管理等。

办公地点为深圳市福田区新洲新沙街5号港航货运局办公大楼

下设盐田、南山等10个行政服务窗口，主要负责货运车辆、企业行政审批业务。