西安航天神舟建筑设计院隶属于中国航天科技集团公司第四研究院，成立于1984年10月，当时单位名称为航天工业部第四研究院建筑设计室，1997年7月更名为中国航天工业总公司第四研究院建筑设计所，2001年12月更名为西安航天神舟建筑设计院。
1992年我院取得中国航天工业总公司颁发的航天工程、建筑工程、市政工程丙级设计资质；1997年取得建设部颁发的工程、建筑工程乙级设计资质；2000年取得国家发改委颁发的工程咨询资质；2002年取得陕西省建设厅颁发的城市规划丙级设计资质；2003年质量体系通过陕西方圆认证ISO9001-2002认证审核；2005年通过保密资格二级认证审核。2008年取得中华人民共和国建设部颁发的建筑行业建筑工程和行业（航天空间飞行器、导弹及火箭弹）设计资质；2008年取得工程建设招标代理资质。2011年取得防雷工程乙级设计资质。