重庆市巴南区疾病预防控制现位于巴南区鱼洞巴县大道79号，始建于1959年，创建之初为巴县卫生防疫站， 2002年6月按照卫生部《关于卫生监督体制改革的意见》要求，取消卫生防疫站，组建了重庆市巴南区疾病预防控制。
区疾控机构规格为副处级，共设9科1室，即：行政办公室、财务科、宣教科、流行病学科、营养与食品安全控制科公共卫生监测科、结核病科、性病科、检验科、科学技术管理科。单位离退休职工13人，在职职工64人，其中职员12人，专业技术人员46人（职称5人，中级职称17人，初级职称24人），工勤人员6人。是全区食品卫生检验、公共场所卫生检验、生活饮用水水质检验、职业病、性病艾滋病、结核病、传染病的专业机构。