南京大学基础学科教育学院是1998年在基础学科教学强化部的基础上成立的，而基础学科教学强化部则是基于原国家教委关于保护和加强基础学科的指导精神成立于1989年。强化部实施“以学科为依托，按学科群打基础，以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”的模式，培养立志献身基础学科研究和教育事业的人才。
目前，匡亚明学院中强化部学生和数学基地的部分学生单独提前招收录取，天文、中文、历史、哲学基地班在统一招生中直接录取，其他学科(基地)(包括物理、化学、生物、地质、地理、大气和数学(部分))的学生在入学后二次招收。
匡亚明学院将继承匡校长创新，创造，求实，超越的教育思想，探索适合南京大学学科特点的通识教育模式和在通识教育基础上的个性化人才培养体系，在实施研究型教学等方面积极实践，努力培养出的创新型人才。
少年部
1985年:南京大学少年部成立,开始在全国范围内招收少年大学生。少年大学生在少年部学习2年，不分文理和专业，三年级开始确定专业，分流到全校各院系学习。
基础学科教学强化部
1989年:南京大学基础学科教学强化部成立，89年强化部同时招收理科班和文科班，同年还招收了后一届少年班学生。文科强化班在招收89一届学生后中断招生，理科通过和选拔单独提前招生今。强化部发展了一套“以学科为依托，按学科群打基础，以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”大理科培养模式和“多次选择，逐步到位”的学科分流机制。1993年，南京大学基础学科教学强化部成为国家理科基础人才培养基地的“多学科综合点（大理科试验班）。教改项目《基础性人才培养基地的建设》被评为教学成果一等奖。
文科强化班
1995年:在南京大学中文系成立文科强化班，试行文史哲贯通的教学计划。95、96两个年级的文科强化班从文史哲三系大一选拔学生组班，97级文科强化班面向全省中学通过和选拔考试招生。
基础学科教育学院
1998年4月:为了进一步推广强化部的办学模式，作为南京大学在教学改革方面迈出的新的重要的一步，南京大学组建了基础学科教育学院。南京大学基础学科教育学院的成立是培养跨世纪基础性人才实施的一项重要举措。基础学科教育学院涵盖数理、化生、地科等各基础理科学科方向，全校七个国家理科基地（物理、化学、天文、生命科学、地质、地理、大理科）大气校内基地、材料系的一、二年级学生在基础学院内实施按照学科群组织基础教学，造成了一种有利于学科交叉的学术氛围，同时充分发挥了我校基础学科的整体优势，为新一代创造性人才的成长提供了良好的培养环境。同时在各相关院系的共同努力下，在大理科的平台上实施多种人才的分流培养，造新时代所要求的人才群体。基础学科教育学院从97级学生开始实际实施，同年中文系文科强化班从96级起并入基础学科教学强化部。
南京大学匡亚明学院位于汉口路22号南京大学，南京大学匡亚明学院要在面向所有人的终身学习中发挥独特的作用，在任何时间、任何地点、以任何方式激发人们学习，并助推人的发展。匡亚明学院
2006年4月:南京大学决定将基础学科教育学院命名为匡亚明学院。在办学的内涵上，匡亚明学院将在基础学院原有的基础上，进一步拓宽教学改革的思路，其培养方式是：按照大文科（包括中文、历史、哲学）和大理科（包括物
匡亚明像青铜（鼓楼校区）理、天文、化学、生物、地理、地质、强化部、大气、数学专业）两大类，各自建设课程计划，其中设置部分文理通修课程。年设置大平台通修课程，第二年按模块（基地）设置核心课程，第三年为专业核心课程，第四年为选修课程、科研训练课程和毕业论文。各个模块（基地）之间的部分核心课程可以替代或覆盖，鼓励学生选修多种学科的课程，以从事边缘学科和交叉科学的研究。而且，将会按照“多次选择、逐步分流、兼顾各方”的原则，在1、2年级由学院统一组织教学和学籍管理，从3年级开始学生全部分流到各个院系（基础学科教学强化部仍然保留），由各个院系组织教学和管理，而各个相关院还将根据其学科的特点，建立起一整套在大文科、大理科基础上的学科培养体系。2006年，上述12个班共486名学生进入匡亚明学院，社会学、政治学专业（社会科学类）的学生计划在2007年进入匡亚明学院。匡亚明学院将为南京大学推广实施2+2通识教育模式作全面、稳步的试点。南京大学匡亚明学院位于汉口路22号南京大学，南京大学匡亚明学院要在面向所有人的终身学习中发挥独特的作用，在任何时间、任何地点、以任何方式激发人们学习，并助推人的发展。基础学科教学强化部自1989年成立以来，实施“以学科为依托，按学科群打基础，以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”的模式，精心打造和建设了一批适合大理科教育模式的课程体系，培育出了多门精品课程。通过多年的教学改革实践，已经培养了一大批人才在基础学科领域中崭露头角。强化部教改的实践已充分显示大理科模式在理科本科教育中的性，在国内外本科理科教育界产生了较大的影响。
我校1998年4月成立的基础学科教育学院，在全校各理科基地推广强化部教学模式，并且开始试点大文科教育模式和教学体系的建设。
2006年基础学科教育学院以老校长匡亚明的名字命名，由国家基础科学人才培养基地（物理学、天文学、化学、生物学、地理学、地质学、大理科试验班、汉语言文学、历史学基地班）、大气、数学、哲学、社会学及政治学专业等组成。学院将秉承匡校长育人理念，弘扬匡校长创新、创造、求实、超越的教育思想，力图将中国高等教育的传统优点与当代世界高等教育改革和发展的趋势相结合，致力于在创新本科教育教学、通识教育、学生科技创新、国内外合作培养人才和大学生思想政治教育工作等方面不断探索创新人才培养模式，使高素质创新人才和拔尖人才脱颖而出。
一、指导思想和培养目标
匡亚明学院培养适应我国社会主义现代化建设实际需要，主要从事基础学科科学研究和教学工作的人才的预备力量，要求学生具有良好的科学素养、人文素养和较宽厚的业务基础，有较强的创造能力、适应能力和发展潜力。在经过进一步深造后，能够适应各学科之间日益渗透的发展趋势和应付世界新技术革命的挑战，适应“面向现代化、面向世界、面向未来”的要求。这类人才除主要从事基础学科（边缘性学科）的教学和科学研究工作以外，还可以在应用学科中发挥重要作用，或在某些多学科性大型研究项目中进行业务组织与协调工作。匡亚明学院在本科教学改革与建设中的总体目标和思路是：
1，加强通识教育，建设文理通修课程，以大师导学，开展全面的科学与人文素质教育。
2，搭建大文科和大理科平台，坚持多次选择、逐步到位的模式，造独具科学素养的个性化人才。
3，在通识课程和大理科、大文科平台课程的基础上，结合学科群模块课程、专业核心课程和自主选修课程，建立适合多学科培养创新人才的新课程体系。
4，建设一批精品课程与精品教材，着力教学内容的改革，培育具有广泛影响力的中青年教学名师。
5，大力进行研究性教学的总结和推广，促进我校本科教学质量的全面提升。
6，探索新世纪人才培养国际化的途径。
7，依托国家学科，在课程贯通的基础上，实行本研一体化的人才培养。
二、培养规格、培养途径与课程体系
要求学生系统地、坚实地掌握本学科的基本理论、基本知识和基本技能和方法；受到严格的科学思维和科学实验的训练；具有一定的本学科的专门知识和处理实际问题的能力，对本学科的发展趋势及应用前景有所了解；熟练掌握一门外语，能够顺利地阅读本学科的外文书刊，具有初步的国际交流能力；受到科学研究训练，具有一定的科学研究能力。
匡亚明学院课程的特色在于覆盖面宽，适用面广，贴近学科前沿。学生可以自由选择主修方向、构筑自己的知识和能力结构。学院认为教育不能过于局限，应当鼓励学生交叉选课，拓宽知识面，并且培养学生的科学研究意识、科学道德、科学研究能力和潜力是十分重要的。学生入学后可以按“多次选择、逐步到位”的分流方式来确定修读的专业方向。科学研究训练将与理论课程、实验实践课程一样受到重视，学生可以自由选择研究课题、导师和课题组，包括科学院院士在内的校内外教授和年轻学者将应邀作为指导教师，指导学生从事学科前沿的研究工作。这样一个跨学科的人才培养模式，有利于按照学科群组织基础教学，有利于造成一种学科交叉的氛围，有利于营造更好的人才成长环境，有利于发挥我校基础学科的整体优势，从而造新时代所需要的人才群体。
匡亚明学院的课程体系前两年按照通修大平台课程和大文科、大理科平台课程，五大模块（数理、化学生物、地学、人文和社会科学）核心课程设置，强调各种层次的通识教育。后两年为专业核心课程和选修课程、科研训练课程和毕业论文阶段。同时各个模块之间的部分课程可以替代或覆盖，相邻阶段之间有所交叉，鼓励学生选修多种学科的课程。在通识教育方面着重强化大文科（语言、史学、逻辑）、大理科（数学、物理、化学兼顾生物）大平台课程以及计算机和英文训练。注意各学科领域中知识的连续性和完整性，不偏重于某一专业，使之比传统单一专业的“专业基础”更宽厚，为培养个性化人才提供足够的时间与空间。
三、学院教学改革与建设主要内容
教学改革与建设成功的基础是建设一批高质量、高水平、具有广泛影响和富有鲜明特色的精品课程（教材）和课程体系，核心是具有一支结构合理、富有献身精神和创新能力的教学梯队，手段是大力进行研究性教学的总结和推广，标志是所培养出的人才适合于在科学前沿工作与研究，并且在各自领域做出世界的研究成果。鉴于上述考虑，匡亚明学院将充分利用南京大学学科齐全的优势，认真考虑学科间联合、交叉、渗透和边缘学科出现的趋势，强调扩大知识面。目前设置数理、化生、地学、人文和社会科学五大模块，包含数学、物理、天文、生物、化学、地理、地质、大气、中文、历史、哲学、政治、社会学等十三个一级学科专业分流方向，毕业生大部分将能进入科研机构和高等学校研究生院继续深造。目前匡亚明学院教学与学籍管理实行2+2模式，课程结构框架如下：打开网页访问
四、学生培养与管理
1，招生。
提前招生：强化部和数学基地班。
统一招生：天文学、中文、历史学、哲学、社会学等专业。
新生选拔：强化部（部分）、数学（部分）、物理学、化学、生物学、地理学、地质学、大气、政治学专业等。
2，2+2培养与分流模式。
按模块组织教学，大平台课程统一组织和安排教学。根据各个基地的特点，方便学生按照自己的需求，采取必修课程与选修课程并行开设的办法。强化部学生按照现有模式采取大类逐渐分流的办法选读相关课程，除大平台必修课程和大类模块必修课程外，其他课程均可按照选修课程处理。
教学计划和学籍前二年由匡亚明学院统一组织和管理。学年末，学生可以跨模块或专业流通，人数在各个基地班的20%-30%，另外，各相关院系基地班与非基地班的流通比例也可以在各个基地班人数的20%-30%．第三学年开始，各个专业基地的学生分流到各自院系，并按各自院系的教学计划组织教学和进行学籍管理。强化部学生仍然留在匡亚明学院，直本科毕业。
匡亚明学院鼓励学生积极参与国际交流，学生到国外和港澳地区的高校进行学习、交流。并聘请外籍教师和上课、作学术报告。
匡亚明学院各基地班以30人为基数，在毕业时免试研究生的比例约在60%。另外可以适当提高奖学金授予比例。
3，学生管理
目前学生管理工作由各自院系学生工作组负责，以后将逐步过渡到由匡亚明学院进行前两年的管理，各自院系负责后两年的管理工作。
4，学籍
（1）匡亚明学院实行学年学分制，本科阶段修业年限为四年。
（2）学生毕业时要求总学分达到150分。其中必修课90学分左右,自主选修60学分左右.
（3）学分绩按百分成绩用学分加权累计平均计算。
（4）其他按照学校教务处有关学籍管理规定执行。
（5）本科修业期满，符合学位授予条件者授予学士学位。成绩优良者免试进入研究生阶段学习。
五、发展设想
1，通过建设高质量的通识课程和大平台课程，为学生营造多学科共同的学习环境。
2，推进在教学计划指导下的学分制，积极探索和实践研究型教学，探索在通识教育的基础上个性化人才的培养体系
3，建立在文理各学科贯通、国内外本科生教育贯通、本科生与研究生教育贯通的大理科教学计划和培养体系。
4，培育一批富有鲜明特色的精品课程和精品教材，培育一批在国内外本科教学方面具有影响力的教学名师。
5，建设一批高水平的校内外本科生科研训练和社会实践基地的培育和建立。
