南京市汉中门小学的前身,是以私立明德小学为基础,与汉中堂义务小学、市立朝天宫小学等两所小学合并而建立的。
　　1925年，基督教长老会设立了私立明德小学，从属于1884年美国籍教师李满夫人所创“明德女子书院”。
　　汉中堂义务小学在莫愁路388号。
　　南京市立朝天宫小学设在建邺路6号文庙（即朝天宫）内，其前身是朝天宫简易小学。
　　上述三所小学，于1952年4月合并，除汉中堂义务小学保留原址外，朝天宫小学与私立明德小学迁移莫愁路401号建校。定名莫愁路第二小学，1952年10月“莫二小”又改名为南京市四区小学。
　　1970年8月易名四新小学。
　　1980年定名为建邺区小学。
　　1974年，原侯家桥小学撤销，部分班级和教师并入本校。84年原罗廊巷小学撤销，部分班级和教师并入本校。99年原天妃巷小学撤销，部分班级和教师并入本校。
　　2002年11月区划调整，本校划入白下区。
　　2004年区小学布局调整，原柏果树小学所有班级和教师全部并入本校。
　　2005年更名为南京市汉中门小学